RNAseq y Anotación Funcional

rna_seq

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Res CD Nº2731 , Expte Nº 503.022/13

Fecha:  26, 27 y 28 de Noviembre de 2013. 

Horario: 10:00 a 17:00 hs

Lugar: FCEyN. UBA. Ciudad Universitaria.  Aula Turing. Pabellon 1. Depto de Computación

Docentes a Cargo: Ana Conesa y Diego de Pannis

Responsables en el EGE: Hernán Dopazo y Esteban Hasson

Pre-inscripción: Hasta el 28 de octubre de 2013 inclusive.

Notificación de aceptación: 4 de noviembre de 2013.

Capacidad: Mínimo 10, máximo 25 estudiantes.

Arancel: 100$ para los estudiantes externos a la UBA.

Interesados: Completar formulario al final de esta página.

Programa

La tecnología NGS de secuenciación del transcriptoma (RNA-Seq) sustituye la de microarrays como método de elección para cuantificar y perfilar los niveles de expresión génica, sirviendo simultáneamente al descubrimiento de variantes de splicing alternativo, transcriptos raros y novedosos, y precursores de miRNA.

La capacidad de obtener una imagen completa de los transcriptomas de diferentes enfermedades proporciona una comprensión más clara de cómo la información del genoma se convierte en las proteínas funcionales, permitiendo la utilidad clínica de clasificación de pacientes, el diagnóstico y el tratamiento individualizado.

Existe una gran cantidad de herramientas y técnicas bioinformáticas para el control de calidad, pre-procesamiento, alineamiento, el análisis cuantitativo y la expresión diferencial los cuales plantean obstáculos significativos para muchos biólogos y médicos. Durante este curso se analizarán distintos aspectos de la tecnología de RNAseq, el análisis bioinformático y estadístico del transcriptoma  junto con la anotación funcional de las secuencias clásicas y no clásicas.

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Dia 1

Mañana: Introducción
Introducción a las tecnologías de ultrasecuenciacion, aplicaciones y limitaciones. Conceptos básicos de RNA-seq. Preparación de librerías, diseño experimental, RNA-seq en presencia y ausencia de un genoma de referencia. Control de calidad en secuenciación masiva.

  • Material Curso# 1 . PDF

Tarde RNA-seq con genoma de referencia

Mapeo. Cuantificación. Expresión diferencial. Enriquecimiento funcional

  • Material Curso# 2. PDF

Dia 2

Mañana: RNA-seq sin genoma de referencia
Reconstruccion de transcriptos. Calidad en la identificación de nuevos transcriptos

  • Material Curso# 3. PDF

Tarde: Anotación functional
Conceptos de Anotación functional. Funcionamiento de la herramienta Blast2GO

  • Material Curso# 4. PDF

Dia 3

Mañana: Asignación de función métodos de anotación automática
Estadísticas de anotación. Que hacer en sets de datos difíciles?

Tarde: Analisis de información functional
Visualización. Análisis de enriquecimiento

  • Material Curso# 5. PDF

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Trabajos Prácticos

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 Some New Papers

1. Korf, I. (2013). Genomics: the state of the art in rna-seq analysis. Nature methods, 10(12), 1165–1166. 

2. Steijger, T.,  et al. (2013). Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq. Nature methods, 10(12), 1177–1184

3. Engström, P. G.,  et al. (2013). Systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data. Nature methods, 10(12), 1185–1191

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Este curso es financiado parcialmente por el Programa Bilateral en Genómica (ARG-ESP) asociado al proyecto:Genómica y transcriptómica de las rutas de detoxificación en Drosophila.Referencia: PIB2010AR-00266. Inicio – Finalización: 15/12/2010 - 14/12/2013
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